Résumé du manga

Tout commence à l’Académie Seiyo, Amu est le sujet de toutes les rumeurs de l'académie. Chacun lui renvoie l'image d'une fille aussi jolie que cool. Mais Amu est-elle vraiment comme ça ? En réalité, elle souhaiterait renaître tout autre. À peine a-t-elle énoncé ce souhait, que trois oeufs font leur apparition sous son oreiller ! De ces oeufs, naissent trois shugo chara...
L'œuf, est situé dans le cœur d'une personne. Il attend que cette dernière réalise ou demande son « soi véritable ». Ils renferment le "Shugo Chara", qui aidera le propriétaire à affirmer ou à compenser un manque dans son caractère, et à réaliser son rêve. Il peut, suivant l'état d'esprit du propriétaire, devenir un œuf X, un oeuf X est gorgé de malheur et de désespoirs. Ces œufs s'appellent les œufs Shugo Chara. Seuls les enfants peuvent en avoir. À l'âge adulte, ils disparaissent
A ce moment là sa vie change, elle rencontre les “Gardiens” de l’Académie, un groupe d'élèves très populaire, qui ont pour rôle de protéger et de tout savoir sur les élèves, et les rejoins en devenant le Jocker car chaque membres de ce groupe porte un titre. Il y a le Roi, la Reine, le Valet et l’As. Amu est différente des gardiens car elle possède 3 shugo, ce qui la rend importante pour le groupe qui n’est composé que de personne en possédant un.
Au cours de cette nouvelle année elle apprend que les Gardiens doivent mettre la main sur “l’Embryon” un oeuf magique qui selon la légende exaucerais les voeux de celui qui l’attrape. Evidement, très compliqué à attraper. De plus, il n’apparait pas toujours et une autre organisation veut aussi mettre la main dessus, Easter, pour des fins moins “bonnes”.
C'est alors qu'elle reçoit un mystérieux cadenas - "l'Humpty Lock" - venant du premier roi des gardiens. Ce dernier avait demandé de remettre ce cadenas au prochain joker qui arrivera avec trois Shugo Chara.
Amu, obligée de le prendre, va apprendre à quoi sert ce cadenas, purifier les oeufs X, mais également, qu'il est assorti à une clé, celle d'Ikuto Tsukiyomi le "chat-voleur" qui voulait lui prendre ses œufs et qui travaille pour Easter...
S’en suit une situation complexe entre eux deux, entre amour et raison, notamment quand la petite soeur de ce dernier, Utau, apparait.